Principalele contraindicatii relative ale autotransfuziei sunt:

• Unele boli de sange: daca exista risc de hemoliza sau tulburari de coagulare;
• Disfunctii hepatice sau renale;
• Amestecul sangelui cu agenti de irigare, alte substante ce pot fi utilizate in timpul interventiei chirurgicale sau pot contamina sangele (continut intestinal, grasimi, suc gastric, suc pancreatic, urina, secretii vaginale, nazale, tesut infectat, fragmente tumorale primare, metastaze etc.).